Uzgodnienie prewspółczynnika VAT z naczelnikiem urzędu skarbowego

W odniesieniu do jednostek organizacyjnych JST, jak np. zakłady budżetowe czy instytucje kultury, wydaje się, że naczelnicy urzędów skarbowych niejednokrotnie wykazywali się większą przychylnością dla proponowanych przez JST alternatywnych sposobów kalkulacji proporcji, akceptując je w protokołach, niż Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: „DKIS”) w wydawanych interpretacjach indywidualnych. W interpretacjach DKIS prezentowane jest bowiem co do zasady stanowisko, zgodnie z którym jednostki organizacyjne JST są zobowiązane do stosowania prewspółczynnika obliczonego w oparciu o wydane na podstawie art. 86 ust. 22 ustawy o VAT, obowiązujące od 1 stycznia 2016 r., rozporządzenie Ministra Finansów (dalej: „rozporządzenie ws. prewspółczynnika”), a więc prewspółczynnika, którego poziom nierzadko nie odpowiada faktycznemu wykorzystaniu komercyjnemu danej inwestycji, w związku z którą ponoszony jest wydatek dokumentowany fakturą, z której odliczany jest VAT. Przykładem interpretacji, w której DKIS odmówił prawa do zastosowania alternatywnej metody obliczania prewspółczynnika, jest interpretacja indywidualna z 16 sierpnia 2022 r. o sygn. 0114-KDIP4-1.4012.275.2022.2.AM (odmowa możliwości zastosowania prewspółczynnika opartego o powierzchnię).

Konsekwencją niereprezentatywności prewspółczynnika określonego na podstawie rozporządzenia ws. prewspółczynnika jest najczęściej istotne obniżenie kwoty podatku VAT naliczonego podlegającej odliczeniu.

W świetle powyższego, opcja zastosowania proporcji wyliczonej według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego wydaje się więc na pierwszy rzut oka korzystna dla JST. Kiedy zatem można uzgodnić taką prognozę? I, przede wszystkim, czy wyliczoną w ten sposób proporcję można stosować bezterminowo?
 

Przesłanki ustalenia wysokości proporcji VAT z naczelnikiem urzędu skarbowego

Mając na względzie treść przepisów ustawy o VAT (art. 86 ust. 2e i 2f), zakres sytuacji, w których wartość prewspółczynnika VAT można wyliczyć na podstawie prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego, wydaje się ograniczony. Przepisy ustawy o VAT dopuszczają taką możliwość tylko po spełnieniu odpowiednich przesłanek, tj.:

• podatnik rozpoczyna w danym roku podatkowym wykonywanie działalności „mieszanej” lub
• podatnik uzna, że w odniesieniu do wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć dane za poprzedni rok podatkowy byłyby niereprezentatywne.

Ustalenie prewspółczynnika na podstawie uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego prognozy może zatem nastąpić zasadniczo wyłącznie w przypadku spełnienia co najmniej jednej z powyższych przesłanek. Gdyby żadna z nich nie została spełniona, nie można potencjalnie wykluczyć w przyszłości ryzyka zakwestionowania możliwości stosowania tak ustalonego prewspółczynnika przez organy skarbowe (mimo przedmiotowego uzgodnienia). Taka sytuacja mogłaby wystąpić, przykładowo, w sytuacji uzgodnienia dokonanego na potrzeby odliczenia VAT od inwestycji (np. rozbudowy infrastruktury wod-kan czy modernizacji budynku muzeum), która po oddaniu do użytkowania służyłaby działalności już uprzednio realizowanej przez JST (jej jednostkę organizacyjną).

Ponadto, ustaloną z naczelnikiem urzędu skarbowego proporcję podatnik może stosować zasadniczo tylko w danym roku podatkowym. A co po jego zakończeniu?
 

Obowiązek dokonania korekty rocznej lub wieloletniej

W przypadku odliczenia VAT przy zastosowaniu prewspółczynnika, konieczne jest dokonanie korekt odliczonej kwoty VAT w drodze, odpowiednio, tzw. korekty rocznej lub korekty wieloletniej.

W ustawie o VAT nie znajduje się przepis, który wprost potwierdzałby możliwość dokonania korekty rocznej czy wieloletniej z uwzględnieniem prewspółczynnika uzgodnionego z naczelnikiem urzędu skarbowego. W przepisach nie widnieje również wyłączenie obowiązku skorygowania w drodze korekty rocznej lub wieloletniej podatku, który został odliczony z zastosowaniem proporcji ustalonej z naczelnikiem urzędu skarbowego.

Co więcej, w zasadniczo analogicznym temacie, dotyczącym tzw. współczynnika uzgodnionego z naczelnikiem urzędu skarbowego w formie protokołu na podstawie art. 90 ustawy o VAT, wypowiedział się Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji indywidualnej z 31 marca 2011 r. o sygn. IBPP1/443-1231/10/AZb. Wskazał w niej, że kwota podatku odliczonego w oparciu o metodę ustaloną z naczelnikiem urzędu skarbowego nie jest ostateczna, a podatnicy są zobowiązani do skorygowania tak odliczonego podatku przy zastosowaniu proporcji obliczonej zgodnie z ustawą o VAT.

W efekcie, w naszej ocenie istnieje istotne ryzyko uznania przez organy skarbowe, że JST zobowiązane są do zastosowania w ramach korekty rocznej lub wieloletniej „domyślnego” sposobu obliczenia prewspółczynnika, tj. sposobu uregulowanego w rozporządzeniu ws. prewspółczynnika. W konsekwencji, jeśli nawet w danym roku podatkowym JST ustaliła wartość prewspółczynnika VAT z naczelnikiem urzędu skarbowego, na gruncie ustawy o VAT może być zobowiązana do dokonania korekty rocznej lub wieloletniej w odniesieniu do dokonanego odliczenia przy zastosowaniu prewspółczynnika obliczonego zgodnie z metodologią wskazaną w rozporządzeniu ws. prewspółczynnika. Brak takiej korekty może skutkować w szczególności więc uznaniem, że JST (jednostka organizacyjna) posiada zaległość podatkową.

Najważniejsze wnioski

• Zastosowanie przez JST (jednostki organizacyjne) alternatywnego prewspółczynnika wyłącznie na podstawie uzgodnienia z naczelnikiem urzędu skarbowego nie wyklucza w szczególności konieczności zastosowania korekty rocznej lub wieloletniej w oparciu o prewspółczynnik skalkulowany zgodnie z rozporządzeniem ws. prewspółczynnika.
• Brak dokonania wspomnianej korekty rocznej lub wieloletniej w oparciu o prewspółczynnik skalkulowany zgodnie z rozporządzeniem ws. prewspółczynnika rodzi ryzyko zaległości podatkowej.
• Jedynym bezpiecznym dla JST (jednostek organizacyjnych) rozwiązaniem w przypadku chęci odliczania VAT za pomocą alternatywnego prewspółczynnika bez konieczności dokonywania korekt rocznych lub wieloletnich z zastosowaniem prewspółczynnika skalkulowanego zgodnie z rozporządzeniem ws. prewspółczynnika jest zasadniczo uzyskanie interpretacji indywidualnej (względnie prawomocnego wyroku sądu administracyjnego) potwierdzającej możliwość stosowania alternatywnego prewspółczynnika.