Korean Tax Newsletter (3월호, 2024)

CONTENTS

세법개정

• 국세 기본통칙 일부 개정
• 2023년 지방세 관계법률 후속 시행령·시행규칙 개정안 공포

세무동향

• 4월은 법인지방소득세 신고·납부의 달, 100만원 초과 법인 분할납부 가능
• 12월말 결산 공익법인, 4월 말까지 결산서류 공시 필요

예규판례

▣법원

• 초과배당금액의 증여세 과세대상 여부를 판단할 때 10년 이내 동일인 증여재산의 합산 여부가 문제된 사건
• 증여세(부과과세방식의 세목) 세무조사의 적법 여부가 문제된 사건

▣ 조세심판원

• 제휴사로부터 보전받은 쟁점정산금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 에누리에 해당하는지 여부
• 계열사를 매각하면서 매각대상법인의 임직원에게 지급한 상여금이 법인세법상 손금에 해당하는지 여부
• 쟁점발전기가 이 건 건물에 딸린 시설로서 건물의 일부를 구성하고 있다고 보아 취득세를 부과한 처분의 당부

▣ 기획재정부

• 국내사업장이 없는 국외사업자와 공동기술개발을 하면서 발생한 비용의 매입세액공제 여부
• 2020.1.1. 전 개시하는 과세연도의 고용증대세액공제 적용을 위한 상시근로자의 증가한 인원 수 계산방법

▣ 행정안전부

• 건축물 멸실 후 주차장으로 사용되는 토지의 재산세 과세 구분

▣ 국세청

• 지주회사가 적격인적분할되는 경우 조특법§38의2①에 따라 과세이연을 받던 주주의 과세이연이 중단되는지 여부

▲ 세법개정 

국세 기본통칙 일부 개정

세법령 개정사항 및 신규‧변경 해석사례 등을 반영한 ‘국세 기본통칙’ 개정안이 기획재정부의 검토 및 승인을 거쳐 24.3.15.(금) 시행되었습니다.
※ 개정된 국세 기본통칙에 대한 자세한 내용은 첨부된 국세법령정보시스템 홈페이지를 참고하여 주시기 바랍니다.

주요 개정사항  ☞ 보도자료

○ 법인세 기본통칙 67-106…6 【손금불산입되는 기부금의 처분】

– 법 제24조 제4항에 따른 기부금으로서 익금에 산입한 금액은 그 기부받은 자의 구분에 따라 다음과 같이 처분한다.

<개정 2001.11.01., 2019.12.23., 2024.03.15.>

1. 주주(임원 또는 직원인 주주 제외) : 배당 <개정 2024.03.15.>

2. 직원(임원포함) : 상여 <개정 2024.03.15.>

3. 법인 또는 사업을 영위하는 개인 : 기타사외유출

<개정 2001.11.01., 2019.12.23., 2024.03.15.>

4. 위 1~3외의 자 : 기타소득 <신설 2024.03.15.>

○ 소득세법 기본통칙 12-17의4…1 【부득이한 사유의 경우 사택제공이익의 비과세】

– 영 제17의4 제1호에 해당하는 사람으로서 사택에 거주하던 자가 인사이동으로 출퇴근이 불가능한 원거리로 전근되었으나, 가족이 질병요양ㆍ취학 등 부득이한 사유로 함께 이주하지 못하고 사택에 계속 거주하는 경우, 당해 사택을 제공받음으로써 얻는 이익은 당해 근로자의 비과세 소득으로 본다. <신설 2024.03.15.> 

○ 국세기본법 기본통칙 45의2-0…1 【후발적 사유에 의한 경정청구】

– ① 손익의 귀속시기를 변경하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 것은 법 제45조의 2 제2항 제4호의 사유에 해당한다. <신설 2019.12.23.>

– ② 회계분식 목적 등으로 손익귀속시기를 임의로 조정·조작한 경우는 법 제45조의2 제2항 제4호의 사유에 해당하지 않는다. <신설 2024.03.15.> 

2023년 지방세 관계법률 후속 시행령·시행규칙 개정안 공포

2023년 지방세 관계법률의 위임사항 등을 반영한 지방세기본법, 지방세징수법, 지방세법 시행령·시행규칙 개정안이 입법예고(2.20∼3.11.)와 국무회의 의결을 거쳐 지난 3.26일 공포되었습니다.

※ 후속 시행령·시행규칙 개정안에 대한 자세한 내용은 첨부된 행정안전부 보도자료(2024.3.19.)를 참고하여 주시기 바랍니다.

주요 개정사항 ☞ 보도자료

○ 특수관계인 범위 합리화(지방세기본법 시행령 제2조 제1항)

– (현행) 혈족: 6촌, 인척: 4촌

– (개정안) 혈족: 4촌, 인척: 3촌, 혼외자의 생부 또는 생모 포함

– (적용시기) 공포한 날부터 시행

○ 압류금지 재산 금액기준 상향(지방세징수법 시행령 제46조 및 제47조)

– (현행) 압류금지 대상인 예금 및 급여의 기준금액: 185만원

– (개정안) 압류금지 대상인 예금 및 급여의 기준금액: 250만원

– (적용시기) 이 영 시행 이후 압류하는 경우부터 적용

○ 취득세 과세표준 범위 및 증거서류 구체화(지방세법 시행령 제18조 제3항 및 제38조의2)

– (개정안) 취득세 납세의무자가 지급할 비용을 대신 지급한 경우(특수관계인, 보조금 지급자, 건축주 지위 양도자 등)에도 해당 비용을 과세표준에 포함하도록 명확화하고, 법인의 취득당시가액을 증명할 수 있는 증거서류의 범위(재산상태, 거래내용, 주주변동사항 확인서류 등)를 구체화

– (적용시기) 2024년 4월 1일부터 시행

▲ 세무동향 

4월은 법인지방소득세 신고·납부의 달, 100만원 초과 법인 분할납부 가능

행정안전부는 전체 법인의 94%에 달하는 12월 결산법인의 2023년 귀속 소득에 대한 법인지방소득세 집중신고 기간을 4.1.(월)부터 4.30.(화)까지 운영한다고 밝혔습니다.

신고대상 법인은 지방세 온라인 신고·납부 시스템인 ‘위택스’를 통해 전자신고하거나, 사업연도 종료일 현재 사업장이 소재한 시·군·구청에 우편 또는 방문신고할 수 있습니다.

※자세한 내용은 첨부된 행정안전부 보도자료(2024.4.2.)를 참고하여 주시기 바랍니다. 

주요내용   ☞ 보도자료

○ 경영에 어려움을 겪는 중소기업 대상 납부기한 3개월 직권연장(4.30. → 7.31.)

– (건설·제조 중소기업)

1) 이자비용 비율이 업종평균 이상이면서 ’23년 매출이30%이상 감소 또는

2) 이자비용 비율이 업종평균 미만이더라도 ’23년 매출이 50%이상 감소한 중소기업

– (수출 중소기업) 중소기업 유예기간에 해당하지 않고 전년대비 매출이 감소한 중소기업 중 다음의 어느 하나에 해당하는 수출 중소기업

1) ’23년 수출액이 매출액의 50% 이상인 중소기업

2) 관세청이 선정하여 국세청에 통보한 수출 우수 중소기업

3) 한국무역협회 선정 ‘한국을 빛낸 이달의 무역인’, ‘수출의탑 수상기업’

4) 대한무역투자진흥공사 선정 ‘세계일류상품 생산기업’

○ 분할납부 제도 도입

– 세액이 100만원을 초과하는 경우 1개월 이내(중소기업 2개월) 분할납부 가능

– (분할납부 금액)

1) 납부할 세액 100만원 초과 ~ 200만원 이하: 100만원을 초과하는 금액

2) 납부할 세액 200만원 초과: 납부할 세액의 50% 이하의 금액

– (분할납부 시기)

1) 일반기업: 납부기한의 다음 날부터 1개월 이내(24.5.31.)

2) 중소기업: 납부기한의 다음 날부터 2개월 이내(24.7.1.)

12월말 결산 공익법인, 4월 말까지 결산서류 공시 필요

국세청은 12월말 결산 공익법인은 4.30. 까지 홈택스를 통해 결산서류 등을 공시하고 출연재산 보고서, 의무이행여부 보고서를 제출해야 한다고 밝혔습니다. 또한, 올해부터는 간편공시 대상자도 공시하지 않거나 공시내용에 오류가 있는 경우 가산세가 부과될 수 있으니 기한 내에 공시할 것을 당부하였습니다.

한편, 국세청은 4월 1일부터 결산서류 공시와 출연재산보고를 한 번에 이행할 수 있는 통합신고시스템을 개통하였습니다.
※ 자세한 내용은 첨부된 국세청 보도자료(2024.3.27.)를 참고하여 주시기 바랍니다.

주요내용 ☞ 보도자료

○ 결산서류 등 공시

– 2023년 12월 말 결산 공익법인(종교단체 제외)은 4월30일까지 재무제표(주석포함), 기부금품의 수입·지출명세서 등을 홈택스에 공시해야 함 

– 총자산가액이 5억 원 미만이고, 수입금액과 출연재산가액의 합계가 3억 원 미만인 공익법인은 간편서식으로 공시할 수 있으며, 올해부터는 간편공시 대상도 공시를 하지 않거나 내용에 오류가 있는 경우 가산세가 부과됨

○ 출연재산 등 보고

– 출연받은 재산이 있는 공익법인은 ‘출연재산 등에 대한 보고서’를 홈택스 또는 관할 세무서에 서면으로 제출해야 함

– 일정 규모 이상인 공익법인은 ‘외부전문가 세무확인서’, ‘외부회계 감사보고서’도 함께 제출해야 함

○ 의무이행 보고 

– 종교단체를 제외한 공익법인은 법인세법상 의무이행 여부를 국세청에 보고해야 하며, 미이행 시 공익법인 지정이 취소되거나 불성실 공익법인으로 명단공개 될 수 있으니 유의 필요함

▲ 예규·판례

[법원] 초과배당금액의 증여세 과세대상 여부를 판단할 때 10년 이내 동일인 증여재산의 합산 여부가 문제된 사건(국승)
(대법원 2024.3.12. 선고 2022두32931 판결, 상고기각)

◼ 쟁점

구 상속세 및 증여세법(2017. 12. 19. 법률 제15224호로 개정되기 전의 것) 제41조의2 제3항에 따라 초과배당금액이 증여세 과세대상인지 여부를 판단하는 단계에서 같은 법 제47조 제2항이 정한 바와 같이 10년 이내의 동일인 증여재산을 합산하여야 하는지 여부

◼ 사안

원고들은 2017. 4. 30. 자녀 또는 자매들로부터 주식회사 D 발행의 주식(이하 ‘이 사건 주식’)을 증여받았는데, 주식회사 D는 2017. 7. 27. 중간배당금 합계 140억 원을 다른 주주들을 제외하고 원고들에게만 배당하여 원고들은 지분비율에 비례하는 균등배당금을 넘는 초과배당금(이하 ‘이 사건 초과배당금’)을 지급받았음. 원고들은 2018. 5. 31. 구 상증세법 제47조 제2항을 적용하지 아니하여 이 사건 주식을 배제하고 이 사건 초과배당금 자체만을 기준으로 각각 증여세와 소득세를 계산한 결과, 각 증여세가 소득세보다 낮으므로 구 상증세법 제41조의2에 따른 증여세 과세대상이 아니라고 판단하여 2017년 귀속 종합소득세만을 신고·납부하였음. 이후 피고들은 구 상증세법 제41조의2에 따라 이 사건 초과배당금이 증여세 과세대상인지 여부를 판단하면서, 구 상증세법 제47조 제2항을 적용하여 증여일로부터 10년 이내에 동일인으로부터 받은 증여재산가액인 이 사건 주식을 이 사건 초과배당금에 대한 증여세 과세가액에 가산하여 증여세액을 산출한 다음, 그 증여세액이 소득세 상당액보다 많다는 전제에서 원고들에게 각 증여세를 결정·고지하였고, 이에 대하여 원고들은 피고들을 상대로 각 처분의 취소를 구함

▣ 결정요지

청구법인은 쟁점정산금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 에누리에 포함된다는 의견이나, 대법원은 전원합의체 판결에서 자기적립 마일리지와 제3자 적립마일리지로 결제한 금액은 에누리에 해당되어 공급가액에서 제외된다고 판시하였는데, 이를 입법적으로 보완하기 위해 2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정(2017.4.1. 시행)된 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 제9호에서 “마일리지등”을 ‘재화 또는 용역의 구입실적에 따라 마일리지, 포인트 또는 그 밖에 이와 유사한 형태로 별도의 대가없이 적립받은 후 다른 재화 또는 용역 구입 시 결제수단으로 사용할 수 있는 것과 재화 또는 용역의 구입실적에 따라 별도의 대가 없이 교부받으며 전산시스템 등을 통하여 그 밖의 상품권과 구분 관리되는 상품권’으로 정의하고 있고, 자기적립마일리지 등 외의 마일리지 등으로 결제받은 부분에 대하여 제3자로부터 보전받았거나 보전받을 금액의 마일리지 상당액은 부가가치세 공급가액에 포함하도록 개정된 점, 쟁점정산금은 개정 시행령의 시행일 이후에 고객이 제휴사를 이용하여 적립한 제휴마일리지를 청구법인에서 항공권 구매 및 라운지 이용 등으로 사용한 것에 대한 정산금으로 청구법인은 이를 제휴사로부터 보전받은 점 등에 비추어 쟁점정산금은 과세표준에서 제외되는 에누리에 해당하지 아니한다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[법원] 증여세(부과과세방식의 세목) 세무조사의 적법 여부가 문제된 사건 (국패)
(대법원 2024.3.12. 선고 2021두32088 판결, 상고기각)

◼ 쟁점

증여세와 같은 부과과세방식의 세목의 경우 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제81조의6 제4항에 의하여 세무조사를 개시하기 위해서는 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것) 제84조와 같은 개별 세법에서 정한 질문·조사권 행사의 상대방에 해당하여야 하는지 여부

◼ 사안

과세관청이 A 회사에 대한 법인세 세무조사를 실시하면서, B 회사와 B 회사의 주주들인 원고들을 세무조사대상으로 선정하여 이 사건 세무조사를 실시한 후 B 회사의 실제 사주인 甲이 원고들에게 B 회사 주식을 명의신탁하였다는 이유로 원고들에게 증여세를 부과하자, 원고들이 그 증여세부과처분의 취소를 구함

▣ 판결요지

구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의6 제3항은 ‘세무공무원이 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다’고 규정하면서, ‘무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우’(제2호), ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제4호) 등을 그와 같은 수시선정 사유로 들고 있음. 그런데 같은 조 제4항에서는 ‘세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다’고 규정하고 있음

한편 구 상증세법 제84조에서는 ‘세무에 종사하는 공무원은 상속세나 증여세에 관한 조사 및 그 직무 수행에 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 질문하거나 관련 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다’고 규정하면서 각 호에서 질문·조사권 행사의 상대방으로 ‘납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자’(제1호), ‘피상속인 또는 제1호의 자와 재산을 주고받은 관계이거나 재산을 주고받을 권리가 있다고 인정되는 자’(제2호), ‘같은 법 제82조에 규정된 지급명세서 등을 제출할 의무가 있는 자’(제3호)를 들고 있음

(…) 이와 같이 세무조사대상의 선정 등에 관한 구 국세기본법 제81조의6이 도입된 배경과 취지, 구 국세기본법 제81조의6이 포함된 제7장의2에 관한 구 국세기본법과 개별 세법의 관계 등을 종합하여 보면, 증여세와 같은 부과과세방식의 세목의 경우에는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 각 호에서 정한 세무조사대상 선정사유가 존재하지 아니하더라도 같은 조 제4항에 의하여 세무조사대상으로 선정하는 것이 가능하기는 하나, 그와 같은 세무조사의 상대방이 되려면 앞서 본 구 상증세법 제84조와 같은 개별 세법에서 정한 질문·조사권 행사의 상대방에는 해당하여야 할 것임

그런데 피고들이 주장하는 바와 같이 이 사건 세무조사 이전에 알 수 있었다는 사정만으로는 객관적으로 보아 원고들이 이 사건 주식을 명의신탁받은 것이어서 증여세 납세의무가 성립하였다고 합리적으로 추정할 수 있었다고 보기는 어려움. 결국 원고들이 구 상증세법 제84조 제1호에 따른 질문ㆍ조사권 행사의 상대방에 해당하였다고 볼 수 없고, 같은 조의 다른 호에서 정한 상대방에도 해당하지 아니하였던 것으로 보임

[조세심판원] 제휴사로부터 보전받은 쟁점정산금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 에누리에 해당하는지 여부
(조심2023서3501, 2024.2.5., 기각)

◼ 쟁점

고객이 제휴사를 이용하여 적립한 제휴마일리지를 청구법인에서 사용함에 따라 제휴사로부터 보전받은 정산금이 과세표준에서 제외되는 에누리에 해당하는지 여부

◼ 사안

청구법인은 은행, 호텔, 렌터카회사 등(이하 ‘제휴사’)과의 업무제휴약정에 따라 고객이 제휴사를 이용하여 적립한 제휴 마일리지(1차 거래)와 관련하여 제휴사로부터 일정액의 정산금을 수령하는데, 이 정산금 중 고객이 청구법인에서 항공권 구매 및 라운지 이용 등으로 사용한(2차 거래) 제휴 마일리지의 정산금(이하 ‘쟁점정산금’)을 부가가치세 신고 시에 과세표준에 포함하여 신고하였음. 이후 청구법인은 쟁점정산금이 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다는 사유로 납부한 부가가치세를 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 부가가치세법 시행령 제61조의 개정(2017.4.1. 시행, 이하 ‘개정 시행령’)에 따라 마일리지로 결제받은 부분 중 제3자로부터 보전받은 금액은 과세표준에서 제외할 수 없다고 보아 경정청구를 거부하였고, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였음

▣ 결정요지

청구법인은 쟁점정산금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 에누리에 포함된다는 의견이나, 대법원은 전원합의체 판결에서 자기적립 마일리지와 제3자 적립마일리지로 결제한 금액은 에누리에 해당되어 공급가액에서 제외된다고 판시하였는데, 이를 입법적으로 보완하기 위해 2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정(2017.4.1. 시행)된 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 제9호에서 “마일리지등”을 ‘재화 또는 용역의 구입실적에 따라 마일리지, 포인트 또는 그 밖에 이와 유사한 형태로 별도의 대가없이 적립받은 후 다른 재화 또는 용역 구입 시 결제수단으로 사용할 수 있는 것과 재화 또는 용역의 구입실적에 따라 별도의 대가 없이 교부받으며 전산시스템 등을 통하여 그 밖의 상품권과 구분 관리되는 상품권’으로 정의하고 있고, 자기적립마일리지 등 외의 마일리지 등으로 결제받은 부분에 대하여 제3자로부터 보전받았거나 보전받을 금액의 마일리지 상당액은 부가가치세 공급가액에 포함하도록 개정된 점, 쟁점정산금은 개정 시행령의 시행일 이후에 고객이 제휴사를 이용하여 적립한 제휴마일리지를 청구법인에서 항공권 구매 및 라운지 이용 등으로 사용한 것에 대한 정산금으로 청구법인은 이를 제휴사로부터 보전받은 점 등에 비추어 쟁점정산금은 과세표준에서 제외되는 에누리에 해당하지 아니한다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
 

[조세심판원] 계열사를 매각하면서 매각대상법인의 임직원에게 지급한 상여금이 법인세법상 손금에 해당하는지 여부
(조심2022서5546, 2024.2.15., 취소)

◼ 쟁점

청구법인이 보유중인 계열사 주식을 매각하면서 매각대상법인과의 합의에 따라 매각대상법인의 임직원에게 지급한 특별상여금이 법인세법상 손금에 해당하는지 여부

◼ 사안

청구법인은 매각대상법인의 주식(이하 ‘쟁점주식’)을 보유하다가 다른 계열사(이하 ‘매도인들’)와 함께 쟁점주식을 매각했고, 그 과정에서 매도인들과 매각대상법인 사이에 체결된 합의서에 따라 매각대상법인의 임직원에게 특별상여금(이하 ‘쟁점상여금’)을 지급하였으나 손금불산입하여 법인세를 신고납부함. 이후 청구법인은 쟁점상여금이 법인세법상 손금에 해당한다는 취지에서 기 납부한 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 제기하였는데, 처분청은 쟁점상여금이 손금요건을 충족하지 아니한다며 이를 거부하였고, 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였음

▣ 결정요지

처분청은 청구법인이 쟁점상여금의 지급주체가 아니며, 쟁점상여금은 법인세법상 손금요건을 충족하지 못한다는 의견이나, 청구법인은 투자매매·중개업을 영위하는 금융투자업자로서 유가증권의 매매를 주된 사업으로 하고 있어, 쟁점주식의 매각을 통해 취득한 자금을 기타 사업활동의 원천으로 사용하기 위해 쟁점주식을 매각한바, 쟁점상여금을 지급한 것이 법률상 의무는 아니었다고 하더라도 쟁점주식의 매각을 위해 청구법인과 ㈜C, 매각대상법인 간 합의한 내용에 따라 지출된 것으로 청구법인의 영업활동과 무관하게 발생한 비용이라고 보기 어렵고, 청구법인의 목적사업을 수행하는데 필요한 행위라고 보이는 점, (…) 쟁점주식 양도계약 당시 매도인들, ㈜C, 매각대상법인의 합의에 따라 매도인들이 지급하기로 명시한 이상 청구법인이 쟁점상여금 지급에 대해 계약상 의무가 없다고 보기 어려우며, 의무를 넘어선 비용을 부담하는 것이 아니므로 통상성을 벗어난 것으로 보기도 어려운 점, 쟁점상여금은 쟁점주식의 처분이익을 실현하기 위해 지출한 비용으로 영업외활동으로 인한 수익을 얻기 위해 지출하는 비용에 해당하는 것으로 보이고, 쟁점상여금을 차감한 매도가능주식처분이익이 수익으로 청구법인에게 귀속된 이상 수익관련성이 있다고 보이는 점, (…) 등에 비추어 처분청이 쟁점상여금을 법인세법상 손금요건을 충족하지 아니한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨

[조세심판원] 쟁점발전기가 이 건 건물에 딸린 시설로서 건물의 일부를 구성하고 있다고 보아 취득세를 부과한 처분의 당부
(조심2023지4255, 2024.3.14., 취소)

◼ 쟁점

청구법인이 비상시 의료용기기 등을 가동하기 위하여 설치된 쟁점발전기를 개수한 것이 건축물 자체의 가액을 증가시키는 행위로서 취득세 과세대상에 해당하는지 여부

◼ 사안

처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 본관 및 별관(이하 “이 건 건물”이라 한다)에 2021.7.23. 부터 2022.12.31. 까지 5차례에 걸쳐 시간당 20킬로와트 이상의 발전시설(이하 “쟁점발전기”라 한다)을 개수[오버홀(Overhaul) 공사 및 부품교체]하였음에도 취득세를 신고·납부하지 아니한 것으로 보아, 2023.7.12. 청구법인에게 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면(100분의 30)을 적용하여 산출한 취득세 및 농어촌특별세를 부과·고지함. 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였음

▣ 결정요지

쟁점발전기는 평소에는 주1회 발전기 운전시험을 위하여 가동될 뿐 이 건 건물의 유지관리 등에 필요한 전력공급을 위하여 가동하는 부대시설에 해당하지 않는 점, 청구법인의 설비시스템 관리 규정에 의하면 청구법인은 비상시 쟁점발전기의 전력공급 우선 순위를 5개로 나누어 관리하고 있는데, 최우선 순위로 수술장, 응급의료센터, 중환자실, 생명유지장치 등에 전력을 공급하고, 우선순위로 환자와 관계된 설비 및 시스템, 진료실 등에 전력을 공급하도록 규정한 반면, 일반조명, 에어컨, 일반동력 등 이 건 건물의 유지관리를 위한 용도로는 가장 마지막인 5순위(일반용)로 전력을 공급할 수 있도록 규정하고 있는 것으로 확인되는 점 등에 비추어보면, 쟁점발전기는 주로 비상시 의료용기기 등을 가동하기 위하여 설치된 것으로서 이 건 건물의 유지관리를 위한 목적으로 설치된 발전기에 해당한다거나, 건물 자체의 효용 내지 가액을 증대시키는 부대시설에 해당한다고 보기는 어려우므로, 청구법인이 쟁점발전기를 수선하였다 하더라도 건축물 자체의 가액을 증가시키는 행위로서 취득세 과세대상이 되는 개수에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것임

[기획재정부] 국내사업장이 없는 국외사업자와 공동기술개발을 하면서 발생한 비용의 매입세액공제 여부(기획재정부 부가가치세제과-183, 2024.2.23.)

◼ 질의

국내사업자(A)가 국내사업장이 없는 국외사업자(B)와 공동으로 기술개발을 하면서 개발비용을 공동분담하기로 약정하고, 국내의 다른 사업자(C)로부터 연구개발 용역을 공급받고 지급한 연구용역비에 대해 세금계산서를 수취하는 경우, 매입세액 전체에 대해 공제받을 수 있는지 여부

– (1안) 매입세액 공제 불가

– (2안) 매입세액 공제 가능

◼ 사실관계

– 질의법인(A)은 국내 법인으로 자동차 기술 개발 및 기술 허여 사업을 수행하고 있음

– 질의법인(A)은 자동차기술에 대한 지적재산권을 소유하고 있는 미국법인(B)과 자동차 기술을 공동개발하기로 하고, 개발비용을 공동부담하기로 하는 약정을 체결함

– 질의법인(A)은 국내 자동차 연구개발법인(C)으로부터 연구개발용역을 제공받고 연구용역비를 지출하면서 매입세금계산서를 수수하고 부가가치세를 지급함

– 질의법인(A)은 연구용역비 중 원가분담약정에 따라 미국법인(B)이 부담할 부분은 부가가치세 영세율 신고를 하였으며, 연구용역비를 지출하면서 부담한 매입세액 중 부가가치세 영세율 신고한 부분에 대하여 매입세액공제를 받음

▣ 회신

(2안)
1. 국내에서 과세사업을 영위하는 국내사업자(A)가 국내 사업장이 없는 국외사업자(B)와 공동으로 기술개발을 하면서 원가분담 약정을 맺어 이와 관련하여 국내의 다른 사업자(C)로부터 용역을 공급받고, 관련 세금계산서 전부를 국내 사업자(A)가 발급받고 국외사업자(B)로부터 지급받은 분담금액에 대하여 부가가치세법 시행령 제69조제15항을 준용하여 국외사업자(B)에게 세금계산서를 발급한 경우 국내사업자(A)는 국내사업자(C)로부터 발급받은 세금계산서상 매입세액 전체를 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

2. 이 경우 국내사업자(A)가 부가가치세법 시행령 제69조제15항을 준용하여 국외사업자(B)에게 세금계산서를 발급할 때에 영세율을 적용할 수 있는지 여부는 해당 거래의 내용 등을 고려하여 별도로 사실 판단할 사항임

[기획재정부] 2020.1.1. 전 개시하는 과세연도의 고용증대세액공제 적용을 위한 상시근로자의 증가한 인원 수 계산방법
(기획재정부 조세특례제도과-199, 2024.3.8.)

◼ 질의

조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제29조의7제1항에 따른 고용증대세액공제 적용대상 인원 수 계산 시, 청년등 상시근로자 및 그 외 상시근로자의 증가한 인원 수 계산방법

– (1안) 전체 상시근로자의 증가한 인원 수 내에서 청년등 상시근로자 및 그 외 상시근로자의 증가한 인원 수 계산

– (2안) 청년등 상시근로자의 증가한 인원 수 및 그 외 상시근로자의 증가한 인원 수를 각각 계산

◼ 사실관계

수도권 외 소재 중소기업을 운영하는 내국인 A는 ‘17년 4.08명(청년등 1.66명, 청년등 외 2.42명)의 상시근로자를 고용하였고, ‘18년 4.75명(청년등 1.00명, 청년등 외 3.75명)의 상시근로자를 고용하였음

– (1안) 전체 상시근로자 증가 0.67명을 한도로 청년등 외 근로자 증가에 대한 세액공제액 적용

– (2안) 청년등 외 상시근로자 수 증가 1.33명을 적용하여 청년등 외 근로자 증가에 대한 세액공제액 적용

▣ 회신

(1안)
귀 질의에 대하여 제1안이 타당함

[행정안전부] 건축물 멸실 후 주차장으로 사용되는 토지의 재산세 과세 구분
(행정안전부 부동산세제과-515, 2024.2.5.)

◼ 질의

과세기준일 현재 기존건축물이 멸실되어 6개월이 경과하지 아니한 토지를 주차장으로 사용하는 경우, 지방세법 제106조 제1항 제2호 다목 및 같은 법 시행령 제103조의2에 따른 별도합산과세대상 토지에 해당하는지 여부

▣ 회신

지방세법 제106조 제1항 제2호 다목 및 같은 법 시행령 제103조의2에 따라 일반적인 공사 절차에 수반되는 건축물 등의 멸실로 일시적인 나대지 상태가 된 경우 납세자의 세부담 완화를 위해 별도합산과세대상으로 적용하고 있음. 본 사안의 경우, 건축물이 멸실된 지 6개월이 경과되지 아니한 토지이나, 과세기준일 현재 아스콘 포장, 무인 수납기 설치 등 사실상 주차장 용도로 사용하고 있는 바, 현황상 다른 용도로 명확히 이용되고 있는 토지까지 별도합산과세대상으로 구분하는 것은 토지분 재산세 기본원칙에 부합하지 않고, 공사과정에서 수반되는 일시적인 나대지 상태로도 볼 수 없는 점 등을 고려할 때 해당 토지는 종합합산과세대상으로 적용하는 것이 타당함

[국세청] 지주회사가 적격인적분할되는 경우 조특법§38의2①에 따라 과세이연을 받던 주주의 과세이연이 중단되는지 여부
(서면-2023-법규재산-3994, 2024.2.21.)

◼ 질의

지배주주들이 주식의 현물출자를 통하여 취득하였던 지주회사 A법인 주식이 적격인적분할을 원인으로 소멸되고 대신 분할신설법인 주식을 취득하게 되는 경우, 해당 적격인적분할이 주주의 양도소득세 과세이연 중단사유인 처분에 해당하는지 여부

◼ 사실관계

– A법인은 사업부문을 분할하여 분할신설법인을 설립

– A법인은 분할신설법인의 주식을 공개매수방식으로 현물출자 받아 지주회사의 법적 요건을 갖추고 지주회사로 전환

– 이 과정에서 내국인 지배주주들은 분할신설법인의 주식을 지주회사 A법인에 현물출자하면서 발생한 주식의 양도차익을 조특법 제38조의2 제1항에 따라 과세이연

▣ 회신

내국법인의 내국인 주주가 지주회사 설립을 위해 주식을 현물출자한 후 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여 조세특례제한법(2018.10.16. 법률 제15785호로 개정되기 전의 것) 제38조의2 제1항에 따라 과세이연을 받은 경우로서, 당해 지주회사가 법인세법 제46조 제2항에 따른 적격분할요건을 갖추고 인적분할하는 경우는 과세이연 중단사유인 처분에 해당하지 않는 것임

※ 본 뉴스레터에 게재된 내용은 일반적인 정보제공만을 목적으로 발행된 것이며, 공식적인 견해나 어떤 구체적 사안에 대한 의견을 드리는 것이 아님을 알려드립니다. 개별적 사안에 대한 적용은 반드시 세무 전문가와 상의를 하시기 바랍니다.

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발간일 : 2024-4-8