雇主給付確診員工隔離治療請假期間之薪資超過規定標準部分，得適用薪資費用加倍減除，並應盡速辦理更正營所稅

2019年年末嚴重特殊傳染性肺炎(以下稱「COVID-19」)開始傳播擴散，導致許多人染疫甚而死亡，為降低傳染，各國政府陸續施行隔離檢疫、旅遊及入境限制等多項措施，進而使經濟發展受到重大影響；雖然目前各國皆已陸續取消相關措施，但此3年多期間所造成之影響，仍令人印象深刻。於疫情期間，為有效防治COVID-19、維護人民健康，台灣亦於109年2月25日制定公布「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」(以下簡稱「防治紓困特別條例」)，以因應對經濟、社會之衝擊。

依「防治紓困特別條例」第4條載明「機關（構）、事業單位、學校、法人、團體給付員工依前條第三項規定請假期間之薪資，得就該薪資金額之百分之二百，自申報當年度所得稅之所得額中減除。其給付員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假期間之薪資，亦同。前項給付員工之薪資金額已適用其他法律規定之租稅優惠者，不適用前項規定。第一項請假期間、員工、給付薪資金額範圍、所得額範圍及減除方式、申請期限、申請程序、應檢附之證明文件及其他相關事項之辦法，由中央衛生主管機關會同財政部並會商相關機關定之。」因此，財政部依該條例頒布「嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法」以明定企業申報營利事業所得稅時計算申報之依據。

而所謂之「防疫隔離假」係明定於「防治紓困特別條例」第3條第3項「接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫者，於隔離、檢疫期間，其任職之機關（構）、事業單位、學校、法人、團體應給予防疫隔離假，且不得視為曠職、強迫以事假或其他假別處理，亦不得扣發全勤獎金、解僱或為其他不利之處分。家屬為照顧生活不能自理之受隔離者、檢疫者而請假者，亦同。」，再者，依勞動部新聞稿可知，「防疫隔離假」並未強制雇主給薪水，故而財政部就雇主額外給予員工薪水部分，提供費用加倍減除之租稅優惠以鼓勵雇主照顧員工。

又，「勞動部表示，確診勞工隔離期間得請普通傷病假；經認定應接受隔離檢疫，以及為照顧生活不能自理的隔離者家屬，得依『嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例』第3條第3項規定請防疫隔離假」及「財政部說明，員工確診COVID-19隔離治療期間，不符合請防疫隔離假資格，而係請普通傷病假、特別休假或事假，雇主按員工請假假別依勞動基準法相關規定給薪或不支薪，與防疫隔離假一律『不支薪』性質不同。」分別為勞動部及財政部新聞稿所載，顯見主管機關係認定若員工為確診時，其假別非為「防疫隔離假」。是以，依該等見解，實務上將發生雇主為照顧員工，而額外給予確診請假之員工薪資時，卻無法享有費用加倍減除租稅優惠之結果。

從而為使雇主給付確診員工及隔離員工薪資之租稅待遇一致，財政部於112年9月15日以台財稅字第11200604860號函，核釋放寬若雇主給付確診員工隔離治療請假期間之薪資超過規定標準或勞雇約定部分，即得適用薪資費用加倍減除。是以，雖「防治紓困特別條例」已於112年6月30日屆滿而廢止，惟若企業於之前年度有給付確診或隔離員工之薪資超過規定標準或勞雇約定部分，但於各該年度營利事業所得稅申報時並未提出申請者，則可依財政部第11200604860號函釋規定，就該函釋發布時尚未核課確定案件，盡速於112年12月31日以前填寫規定格式並檢附相關佐證文件，辦理更正申報該年度之營利事業所得稅。另，若有於前開財政部函釋發布時已核課之案件，或可能無法及時於該等函釋所定期限(112年12月31日)前辦理更正之案件，則建議洽請稅務專家協助評估是否得依稅捐稽徵法相關規定辦理更正申報。

茲就前開財政部函釋所定之相關更正要件彙整如下表：

此外，雖然112年3月20日起，防疫指揮中心已調整COVID-19疾病通報定義，確診COVID-19輕症免通報、免隔離，不再需要強制隔離。然若雇主於該日前仍有給付確診或隔離員工前述財政部第11200604860號函釋所定之薪資，依財政部新聞稿所載，就未屆申報期限之案件，於辦理該年度所得稅結算、決算或清算申報（如曆年制112年度營利事業所得稅結算申報案件，於113年5月1日至31日申報）時，可依規定格式填報並檢附相關文件以申請適用費用加倍減除之租稅優惠。