新聞稿
談營利事業使用盈虧互抵之常見疑義
【2024／02／19，台北訊】鑒於以年度為期限，計算營利事業之所得，可能使年度所得變動較大之營利事業實質稅負過重，故考量營利事業之永續經營及課稅能力之正確衡量，訂有所得稅法第39條規範以往年度虧損扣除之適用條件；符合要件之營利事業，得將以往年度之虧損，後抵十年內之課稅所得，然除了本法規定，財政部尚發布數則函釋針對盈虧互抵之適用加以規範，其中不乏存有疑義部分，勤業眾信聯合會計師事務所稅務部資深會計師袁金蘭今（19）謹依盈虧互抵之適用要件加以說明如下。
按所得稅法第39條第1項規定，可知得適用該等法令之要件有三：
- 適用主體：公司組織之營利事業；
- 會計帳簿情形：會計帳冊簿據完備；
- 結算申報方式：虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期申報。
針對適用主體，雖所得稅法第39條似僅限縮公司組織之營業事業得適用盈虧互抵，惟財政部針對以下四種類之組織，亦准予比照公司組織之營利事業，適用盈虧互抵之規定：
- 教育、文化、公益、慈善機關或團體銷售貨物或勞務部分（財政部84年3月1日台財稅第841607554號函參照）
- 合作社（財政部68年6月28日台財稅字第34331號函參照）
- 醫療社團法人（財政部95年7月13日台稅一發字第09504526550號函參照）
- 有限合夥（財政部108年5月16日台財稅字第10804535120號函參照）
袁金蘭進一步說明，上述組織，雖非公司組織，惟其具有營利性質，且其營利事業所得稅課稅方式與公司組織並無不同，基於兩者適用課稅規定之一致性及租稅公平合理，可比照公司組織適用所得稅法第39條虧損扣除規定。
由此可見，非公司組織之其他組織，若具有營利性質，則應有機會主張適用所得稅法第39條盈虧互抵，惟在無明確法令或函釋之前提下，仍建議申請個案解釋為宜。
針對會計帳簿情形，依財政部52年11月22台財稅發第8210號令，所稱「會計帳冊簿據完備」一語除會計帳冊簿據，應依所得法第3章第2節、商業會計法及本部對帳簿憑證有關解釋令為認定標準外，所稱「完備」，自應以業經依照上開法令設置帳簿，並依法取得憑證為要件。
然而，除上述「會計帳冊簿據完備」之定義外，財政部83年7月13日台財稅第831601175號令及83年7月13日台財稅第831601183號令（以下併稱財政部83年函釋）訂有公司短漏報情節輕微者仍可適用盈虧互抵規定，即公司組織之營利事業經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過新臺幣十萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免依規定撤銷其行為年度藍色申報之許可，並免按會計帳冊簿據不完備認定，仍准適用所得稅法第39條有關前十年虧損扣除之規定；其屬會計師查核簽證者亦同（若已依規定自動補報補繳者，前述門檻加倍認定）。準此，按財政部83年函釋反面解釋，一旦營利事業有短漏所得稅額或課稅所得額之情事，即可能遭否准適用虧損扣抵，即便僅為帳外調整判斷歧異或計算錯誤亦同，不可不慎。
惟依財政部79年11月21台財稅發第790710551號令，會計師於簽證時對於委任營利事業與稅務法令規定不合之成本、損費，如未依法作帳外調整申報，核與會計帳冊簿據不完備，係屬二事，稽徵機關仍應個案究明是否符合會計帳冊簿據完備之要件，憑以核定可否盈虧互抵之依據。是以參照該函釋之意旨，財政部83年函釋似有擴大解釋本法「會計帳冊簿據完備」之範圍，是以若營利事業係因帳外調整之適用法令與稽徵機關見解不同或單純計算錯誤，而有短漏所得之情事，似仍有機會主張符合「會計帳冊簿據完備」，爭取虧損扣抵之適用。
針對是否如期完成結算申報，實務上，稽徵機關常認定在「報繳合一」規定下，「如期申報」包含「申報已完成所自行試算之稅額繳納義務」，將申報前自行繳納結算稅額列為所得稅法第39條規定應「如期申報」要件。
然而，萬一營利事業已於期限前完成申報，惟於申報期限前漏未繳納稅款，仍可參照最高行政法院109年度上字第632號判決意旨（註），主張繳納稅款與否尚不影響「如期申報」之事實，故仍有機會獲准適用盈虧互抵。
為避免爭訟，袁金蘭提建議，營利事業務必在申報期限前完成營利事業所得稅結算申報，並完納稅捐，且若營利事業不幸發生類似情事，鑑於個案案情不盡相同，應進一步尋求法律及稅務專家之協助以完整評估案情。
此外，若公司進行合併或分割之併購交易，其虧損及申報扣除年度若符合上述盈虧互抵之要件，依企業併購法第43條規定，併購交易後，仍可持續適用盈虧互抵，惟計算方法須按比例帶入參與併購公司之虧損金額，而非全額帶入，須特別留意。
