洞察解析

一次掌握申報盈虧互抵之重要眉角

2025年趨勢解析《稅務篇》

勤業眾信稅務部/盧再龍副總經理、林宜薇協理

所得稅法第39條規定,公司組織之營利事業,若符合會計帳冊簿據完備,虧損及申報扣除年度均採用藍色申報或經會計師簽證申報並如期申報者,其虧損金額可在以後10年之課稅所得中申報扣除,以減輕以後年度之稅負。惟稅捐稽徵實務上常見營利事業因不諳相關計算或申報規定,而被國稅局調整甚至被否准適用盈虧互抵,影響甚大。因此,本文彙整有關申報盈虧互抵之最新法令及重點攻略,包括適用主體、計算規定及申報程序等,供營利事業洞悉申報盈虧互抵之重要眉角,以避免因申報錯誤而發生需補繳稅款及加計利息之情形。

  • 適用主體及適用要件

 - 適用主體

依所得稅法第39條及財政部相關解釋函令規定,得申報盈虧互抵之適用主體如下,另提醒留意,若係屬於「有限合夥創投事業且經主管機關核准適用透視課稅規定者」,則適用透視課稅優惠期間內之虧損,於未來年度不得申報扣除:

適用主體

法令依據

公司組織之營利事業

所得稅法第39條

外商在臺分公司單獨設帳者

財政部64年4月10日台財稅第32565號函

合作社

財政部68年6月28日台財稅字第34331號函

教育、文化、公益、慈善機關或團體銷售貨物或勞務部分

財政部84年3月1日台財稅第841607554號函

醫療社團法人

財政部95年7月13日台稅一發字第09504526550號函

有限合夥

財政部108年5月16日台財稅字第10804535120號函

非以公益為目的之長期照顧服務機構社團法人

財政部113年8月5日台財稅字第11300570850號令

 

- 適用要件-會計帳冊簿據完備

營利事業依所得稅法第39條規定適用以前年度虧損扣除者,其虧損及申報扣除年度均應符合「會計帳冊簿據完備」之要件。所稱「會計帳冊簿據完備」,應依照所得稅法第3章第2節、稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法、財政部對帳簿憑證有關解釋令、商業會計法及商業會計處理準則規定設置帳簿,並依法取得憑證為要件。

除上述須依規定設置帳簿並依法取得憑證外,另應留意公司所得稅結算申報如有短漏報所得超過一定比率,將會被認定其會計帳冊簿據不完備,而被取消盈虧互抵的資格;惟若非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐且違章情節不重大者,得視為短漏報情節輕微,免按會計帳冊簿據不完備認定。茲彙總財政部發布相關放寬認定之解釋函令如下:

放寬免按會計帳冊簿據不完備認定之情況

法令依據

短漏所得稅稅額不超過10萬元,或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%

財政部83年7月13日台財稅第831601175號函

短漏所得稅稅額不超過20萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過10%,並已依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報者

財政部83年7月13日台財稅第831601183號函

虧損年度經稽徵機關查獲短漏之所得額不超過10萬元,或短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例不超過5%

財政部85年10月2日台財稅第851918086號函

營利事業之進貨、費用及損失,如取得非實際交易對象出具之憑證,其符合下列規定,並能提示交易相關文件及支付款項資料證明其有實際交易之事實者:

1. 已誠實入帳,且於稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露。

2. 不符合前款規定,經稽徵機關查得應自交易相對人取得憑證而未取得,但當年度進貨、費用及損失依帳簿憑證相關法令規定應自交易相對人取得憑證而未取得之總金額不超過120萬元,或占同年度進貨、費用及損失依帳簿憑證相關法令規定應自交易相對人取得憑證(含應取得而未取得憑證部分)總金額之比例不超過10%。

財政部101年1月30日台財稅字第10000457660號令

 

- 適用要件-如期申報及繳納稅款

營利事業應留意,若未如期申報、未如期繳納、短繳結算申報自繳稅款,或未如期檢送會計師簽證報告書至稅捐稽徵機關,則會被視為普通申報案件,無盈虧互抵之適用。應注意之申報程序包括:

1、   如期申報及繳納稅款

所謂如期申報不僅係虧損及申報扣除年度均須在法定申報期間內辦理所得稅申報,申報扣除年度亦須在申報截止日前繳清應納稅款,才算完成申報程序。因此,常見有實務案例於申報截止日次日繳納應納稅款,雖不加徵滯納金,但因屬逾期繳納,故仍被稅局視為普通申報案件而核定剔除虧損扣除,影響租稅權益甚大。

因此,財政部乃於113年11年1日發布台財稅字第11304553700號令,核釋營利事業逾期繳納應納稅額若未符合稅捐稽徵法第20條第1項應加徵滯納金規定者(每逾3日按滯納數額加徵1%滯納金),得視為情節輕微,仍符合如期申報之規定。惟若超過法定期限4日以上始繳清稅款,仍會被視為不符合如期申報而無法適用盈虧互抵。

2、   應如期提出會計師查核簽證報告書

營利事業虧損及申報扣除年度均須委託會計師辦理營所稅簽證申報,除應如期申報及繳納稅款外,亦應按期限內檢送查核簽證報告書。以113年度營利事業所得稅申報為例,營利事業委託會計師查核簽證並採用網際網路申報者,其查核簽證報告書應於114年6月30日前送交所在地國稅局所轄分局、稽徵所或服務處。另提醒留意,若已及時上傳但該檔案內容不符或有缺漏等情形,亦會被認定屬於會計師查核簽證報告書檔案未如期完成上傳之情況,而會被視為普通申報案件處理,無法適用盈虧互抵之規定。

  • 計算規定

- 申報扣除前10年內經核定各期虧損之計算方式

營利事業申報扣除前10年內各期虧損時,應注意須以稅捐稽徵機關「核定數」為準,因此應留意各年度經稅捐稽徵機關「核定」情形,避免因不符規定發生需調整補稅及加計利息之情形。此外,財政部於112年12月11日修正營利事業所得稅查核準則部分條文,其中針對所得稅法第39條第1項有關稽徵機關核定前10年內之各期虧損,明定下列各項所得對可扣抵虧損金額之計算規定。

下表左列屬於所得不計入課稅惟損失得自課稅所得額減除之性質,故應先將該所得抵減各該期核定虧損後,始得就虧損餘額申報自本年度純益額中扣除;而下表右列則屬於所得不計入課稅,且損失亦自課稅所得額排除之性質,因此,所得免先抵減各該期核定虧損數,但如為損失,亦不得計入各該期核定虧損數:

所得項目不計入課稅,
惟損失得自課稅所得額減除之性質

所得項目不計入課稅,
且損失亦自課稅所得額排除之性質

項目

計算方式:應先抵減核定虧損

項目

計算方式:無須抵減核定虧損(若為損失亦不得計入)

1

依同法第42條規定不計入所得額之投資收益

1

出售免稅土地及土地改良物之損益

2

依獎勵民間參與交通建設條例第28條規定免納營利事業所得稅之所得額規定

2

停徵所得稅之證券及期貨損益

3

依促進民間參與公共建設法第36條規定免納營利事業所得稅之所得額規定

3

企業併購法第44條讓與營業或財產取得股份產生之損益

4

其他依相關法律規定免徵或免納營利事業所得稅之所得,且損失自課稅所得額減除者,該免徵或免納營利事業所得稅之所得額

4

依國際金融業務條例規定之國際金融業務分行、國際證券業務分公司及國際保險業務分公司之損益

 

 

5

依其他法律規定,於計算課稅所得額時減除免徵或免納營利事業所得稅之所得額,惟損失不得自課稅所得額減除者,該免徵或免納營利事業所得稅之所得額

 

 - 符合企業併購法規定辦理公司合併或分割者申報虧損扣除之計算方式

考量公司併購前之虧損如一概不准扣除,將造成併購之租稅障礙,如完全許其扣除而不予限制,則又難以防杜專以享受虧損扣除而進行之併購。因此,為配合公司藉併購提升經營績效之趨勢,與考量公司之盈虧係由各股東依其持有股份比例承受,財政部於92年8月13日發布0920454432號令,核釋公司進行合併或分割後應如何適用企業併購法第43條規定計算得申報扣除之虧損金額,茲彙總如下表:

態樣

申報主體

得申報虧損扣除金額之計算方式

公司合併

合併存續公司/新設公司

按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例*合併前尚未扣除各期虧損之合計數

公司與外國公司合併

1. 合併存續公司/新設公司

2. 外國公司在中華民國境內設立之分公司

同上計算方式

公司分割

既存公司/新設公司

按各參與公司股權分割比例*持有既存或新設公司股權之比例*分割前尚未扣除各期虧損之合計數

 

 

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