議題觀點
談營利事業使用盈虧互抵之常見疑義
勤業眾信稅務部 / 袁金蘭資深會計師、簡嘉宏協理
鑒於以年度為期限，計算營利事業之所得，可能使年度所得變動較大之營利事業實質稅負過重，故考量營利事業之永續經營及課稅能力之正確衡量，訂有所得稅法第39條規範以往年度虧損扣除之適用條件；符合要件之營利事業，得將以往年度之虧損，後抵十年內之課稅所得，然除了本法規定，財政部尚發布數則函釋針對盈虧互抵之適用加以規範，其中不乏存有疑義部分，以下謹依盈虧互抵之適用要件加以說明。
適用盈虧互抵之要件
按所得稅法第39條第1項規定，可知得適用該等法令之要件為：
- 適用主體：公司組織之營利事業；
- 會計帳簿情形：會計帳冊簿據完備；
- 結算申報方式：虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期申報。
依序說明如下：
一、 適用主體原則上為公司組織之營利事業，惟教育、文化、公益、慈善機關或團體、合作社，及醫療財團法人暨有限合夥組織等，因具「營利」性質而皆准予適用
雖所得稅法第39條似僅限縮公司組織之營業事業得適用盈虧互抵，惟財政部針對以下組織，亦准予比照公司組織之營利事業，適用盈虧互抵之規定
- 教育、文化、公益、慈善機關或團體銷售貨物或勞務部分（財政部84年3月1日台財稅第841607554號函參照）
- 合作社（財政部68年6月28日台財稅字第34331號函參照）
- 醫療社團法人（財政部95年7月13日台稅一發字第09504526550號函參照）
- 有限合夥（財政部108年5月16日台財稅字第10804535120號函參照）
上述組織，雖非公司組織，惟其具有營利性質，且其營利事業所得稅課稅方式與公司組織並無不同，基於兩者適用課稅規定之一致性及租稅公平合理，可比照公司組織適用所得稅法第39條虧損扣除規定。
由此可見，非公司組織之其他組織，若具有營利性質，則應有機會主張適用所得稅法第39條盈虧互抵，惟在無明確法令或函釋之前提下，仍建議申請個案解釋為宜。
然而，亦請留意，依財政部82年1月13日台財稅字第821475686號函令，外商在臺工程場所雖具有營利性質，惟因非屬公司組織，故無法適用盈虧互抵；而實務上，總機構在中華民國境外，在中華民國境內無固定營業場所，而有營業代理人之營利事業，因非屬公司法規定之外國公司，不符合所得稅法第39條但書所定「公司組織之營利事業」要件，雖須由營業代理人代為申報營利事業所得稅，亦無法適用盈虧互抵。
二、 是否符合會計帳冊簿據完備之要件，尚需考量是否有短漏報所得稅，及其情節是否重大
依財政部52年11月22台財稅發第8210號令，所稱「會計帳冊簿據完備」一語除會計帳冊簿據，應依所得法第3章第2節、商業會計法及本部對帳簿憑證有關解釋令為認定標準外，所稱「完備」，自應以業經依照上開法令設置帳簿，並依法取得憑證為要件。
然而，除上述「會計帳冊簿據完備」之定義外，財政部83年7月13日台財稅第831601175號令及83年7月13日台財稅第831601183號令（以下併稱財政部83年函釋）訂有公司短漏報情節輕微者仍可適用盈虧互抵規定，即公司組織之營利事業經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過新臺幣10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免依營利事業所得稅藍色申報書實施辦法第20條第2項規定撤銷其行為年度藍色申報之許可，並免按會計帳冊簿據不完備認定，仍准適用所得稅法第39條有關前10年虧損扣除之規定；其屬會計師查核簽證者亦同（若已依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳者，前述門檻加倍認定）。準此，按財政部83年函釋反面解釋，一旦營利事業有短漏所得稅額或課稅所得額之情事，即可能遭否准適用虧損扣抵，即便僅為帳外調整判斷歧異或計算錯誤亦同，不可不慎。
惟依財政部79年11月21台財稅發第790710551號令，會計師於簽證時對於委任營利事業與稅務法令規定不合之成本、損費，如未依法作帳外調整申報，核與會計帳冊簿據不完備，係屬二事，稽徵機關仍應個案究明是否符合會計帳冊簿據完備之要件，憑以核定可否盈虧互抵之依據。是以參照該函釋之意旨，財政部83年函釋似有擴大解釋本法「會計帳冊簿據完備」之範圍，是以若營利事業係因帳外調整之適用法令與稽徵機關見解不同或單純計算錯誤，而有短漏所得之情事，似仍有機會主張符合「會計帳冊簿據完備」，爭取虧損扣抵之適用。
三、 所稱「如期申報」，是否包含申報期限前應繳納稅款
參照所得稅法第71條第1項前段：「納稅義務人應於每年5月1日起至5月31日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，……，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。」第76條第1項前段：「納稅義務人辦理結算申報，應檢附自繳稅款繳款書收據與其他有關證明文件及單據；……。」等規定，故實務上，稽徵機關常認定在「報繳合一」規定下，「如期申報」包含「申報已完成所自行試算之稅額繳納義務」，將申報前自行繳納結算稅額列為所得稅法第39條規定應「如期申報」要件。
然而，萬一營利事業已於期限前完成申報，惟於申報期限前漏未繳納稅款，仍可參照最高行政法院109年度上字第632號判決意旨（註），主張繳納稅款與否尚不影響「如期申報」之事實，故仍有機會獲准適用盈虧互抵。
惟為避免爭訟，仍建議營利事業務必在申報期限前完成營利事業所得稅結算申報，並完納稅捐，且若營利事業不幸發生類似情事，鑑於個案案情不盡相同，應進一步尋求法律及稅務專家之協助以完整評估案情。
註：最高行政法院109年度上字第632號判決意旨摘錄
- 納稅義務人應依限如期申報，計算其應納之結算稅額，並於提出申報前自行繳納之，至於繳款書收據則為結算申報時應檢附之文件，故所得稅法上顯將稅捐之申報行為及繳納稅款行為分別以觀，各有規定
- 所得稅法第39條第1項但書規定係為提高競爭能力促進稅制公平合理，且限於虧損及申報扣除年度均為使用藍色申報或經會計師查核簽證申報者，始可適用，即專為獎勵「誠實申報」之營利事業而設，營利事業能否適用之要件並未著重在稅捐之已否繳納，反係重在稅捐之申請是否正確，原判決認「如期申報」以申報前自行如期繳納稅款為要件，並非的論。
- 所得稅法第71條第1項規定於結算申報前自行繳納稅款的理由，在於避免因稽徵機關核定稅額通知之時間不一，致先行核定繳納者，無形中較為吃虧，及免除稽徵機關再行核定通知之手續，其目的與所得稅法第39條第1項但書「著重誠實納稅」之目的顯然不同。
- 上訴人於106年5月31日透過網路傳輸申報營利事業所得稅結算，依規定以申報資料傳輸至稽徵機關之日為申報日期，上訴人於106年6月1日申報截止日前申報合於所得稅法第39條第1項但書規定之「如期申報」，上訴人於106年6月2日自行繳納應納之結算稅額14,907元，不影響其「如期申報」之事實。
虧損扣抵金額之計算：虧損年度之投資收益應先抵減虧損，惟免徵之土地交易所得及停徵之證券交易所得則無須抵減
針對虧損扣抵金額，財政部函釋規定，營利事業虧損年度依所得稅法第42條規定免計入所得額之投資收益，應先抵減虧損金額後，再以餘額盈虧互抵，惟同為免稅所得之證券交易所得及土地交易所得卻不用減除，列示如下：
計算虧損扣抵金額應減除項目:
- 依所得稅法第42條規定免計入所得額之投資收益（財政部66年3月9日台財稅第31580號函，以下稱財政部66年函釋）
計算虧損扣抵金額無須減除項目
- 停徵之證券交易所得（財政部74年7月6日台財稅第18503號函）
- 免徵之土地交易所得（財政部76年9月22日台財稅第7585901號函）
財政部66年函釋針對投資收益應先抵減虧損扣抵金額之規定，及與同樣排除於課稅範圍之證券交易所得及土地交易所得存在不一致之租稅待遇，實務上多有爭議，惟該財政部66年函釋業經111年憲判字第5號判決宣告合憲。
依企業併購法第43條規定，企業併購交易後，仍可持續適用盈虧互抵
公司合併
公司合併，其虧損及申報扣除年度若符合盈虧互抵之要件，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前，依規定得扣除各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起10年內從當年度純益額中扣除。
公司與外國公司合併
公司與外國公司合併者，合併後存續或新設之公司或外國公司在中華民國境內設立之分公司，得依規定扣除各參與合併之公司或外國公司在中華民國境內設立之分公司合併前尚未扣除之虧損額
公司分割
公司分割時，既存或新設公司，得依第一項規定，將各參與分割公司分割前尚未扣除之虧損，按股權分割比例計算之金額，自其純益額中扣除。既存公司於計算可扣除之虧損時，應再按各參與分割公司之股東分割後持有既存公司之股權之比例計算之。
至於合併或分割後消滅公司之決算虧損，依財政部92年8月13日台財稅第0920454432號函規定，亦得由存續或新設公司依比例扣除。