令和6年3月決算における税務上の留意事項

対象となる特別試験研究費の額の追加

特定新事業開拓事業者（※1）との共同研究（※2）及び特定新事業開拓事業者への委託研究（※2）に係る試験研究費の額が特掲され、税額控除率を25％とすることとされた（措令27の4㉔三、十）

（※1）　特定新事業開拓事業者とは、産業競争力強化法の新事業開拓事業者のうち同法の特定事業活動に資する事業を行う一定の会社（※3）で、自らの経営資源以外の経営資源を活用し、高い生産性が見込まれる事業を行うこと又は新たな事業の開拓を行うことに資するものであることその他の基準を満たすことにつき経済産業大臣の証明があるものをいう
（※2）　共同研究及び委託研究の範囲は、改正前の研究開発型ベンチャー企業との共同研究及び研究開発型ベンチャー企業への委託研究と同様に一定の契約又は協定に基づいて行われるものとする
（※3）　既に事業を開始しているもので、一定の投資事業有限責任組合を通じて又は国立研究開発法人から出資を受けていること、設立後15年未満で研究開発費の額の売上高の額に対する割合が10％以上であること等の要件に該当するものに限る

次の要件の全てを満たす試験研究に係る、新規高度研究業務従事者（※1）に対する人件費の額が追加され（措令27の4㉔十五）、税額控除率を20％とすることとされた

■　その法人の役員又は使用人である新規高度研究業務従事者（※1）に対して人件費を支出して行う試験研究であること
■　当期の新規高度人件費割合（※2）を前期の新規高度人件費割合で除して計算した割合が1.03以上である法人が行う試験研究（工業化研究を除く）であること
■　次のいずれかに該当する試験研究であること
　　▼　その内容に関する提案が広く一般に又は広くその法人の使用人に募集されたこと
　　▼　その内容がその試験研究に従事する新規高度研究業務従事者から提案されたものであること
　　▼　その試験研究に従事する者が広く一般に又は広くその法人の使用人に若しくは広くその役員及び使用人に募集され、その試験研究に従事する新規高度研究業務従事者がその募集に応じた者であること

（※1）新規高度研究業務従事者とは、その法人の役員又は使用人である次の者をいう
　　■　博士の学位を授与された者（外国においてこれに相当する学位を授与された者を含む）で、その授与された日から5年を経過していないもの
　　■　他の者（その法人との間に一定の資本関係がある者を除く）の役員又は使用人として10年以上専ら研究業務に従事していた者で、その法人（その法人との間に一定の資本関係がある者を含む）の役員又は使用人となった日から5年を経過していないもの
（※2）新規高度人件費割合とは、以下A）の額がB）の額のうちに占める割合をいう
　　A）　試験研究費の額（工業化研究に該当する試験研究に係る試験研究費の額を除く）のうち新規高度研究業務従事者に対する人件費の額
　　B）　試験研究費の額のうちその法人の役員又は使用人である者に対する人件費の額

対象となる特別試験研究費からの除外

研究開発型ベンチャー企業との共同研究及び研究開発型ベンチャー企業への委託研究に係る試験研究費が、特別試験研究費の範囲から除外された

対象となる特別研究機関等の追加

特別試験研究費の対象となる特別研究機関等との共同研究及び特別研究機関等への委託研究について、特別研究機関等の範囲に福島国際研究教育機構が追加された（措令27の4㉔一）

対象となる試験研究費の額の範囲等

■　試験研究費のうち対価を得て提供する新たな役務の開発に係る試験研究のために要する一定の費用について、既に有する大量の情報を用いる場合についても対象とされた（措令27の4⑥）

■　試験研究費の範囲から、性能向上を目的としないことが明らかな開発業務の一部として考案されるデザインに基づき行う設計及び試作に要する費用が除外された（措通42の4（1）-2）

分割等があった場合の調整計算

■　分割等があった場合の調整計算の特例の適用を受けるための手続が見直され、税務署長の認定及び当事者全てによる届出が不要とされ、特例の適用を受ける法人がその適用を受ける事業年度の確定申告書等に所定の事項を記載した以下の付表を添付することにより適用を受けることができることとされた（措令27の4⑭㉚）

付表：
「分割等があった場合の比較試験研究費の額の調整計算の特例に係る明細書」
「分割等があった場合の平均売上金額の調整計算の特例に係る明細書」

払込み（出資）による取得

■　対象

• 1件当たり取得価額の上限は100億円
• 所得控除上限額は、1件当たり25億円以下、1年度当たり125億円以下
• 特定株式の要件は、特定事業継続期間を3年以上、取得価額要件を1件当たり1,000万円～5億円以上（大企業、中小企業、海外法人への出資で異なる）、オープンイノベーションに向けた取組を伴う出資であること等、とされている

■　対象
以下の改正が行われ、その他の要件については改正前と同じ

• 1件当たり取得価額の上限を50億円へ引下げ（措法66の13①）
• 所得控除上限額は1件当たり12.5億円以下、1年度当たり125億円以下（購入による取得と合わせて判定）（措法66の13①）

購入による取得

対象外

■　発行法人以外の者からの購入により取得した特別新事業開拓事業者の株式で、その取得により総株主の議決権の過半数を有することとなるものが追加される（措法66の13①）

• 取得価額の上限は200億円（措法66の13①）
• 所得控除上限額は1件あたり50億円、1年度当たり125億円（払い込みによる取得と合わせて判定）（措法66の13①）
• 特定株式の要件は、特定事業継続期間を5年、取得価額要件を5億円以上、特別新事業開拓事業者を内国法人に限定する、等となる（措令39の24の2①）
• 継続証明の要件に、株式の取得の際に特別新事業開拓事業者が営んでいた事業を引き続き営んでいること等の要件が加えられる（国内外における経営資源活用の共同化に関する調査に関する省令の規定に基づく経済産業大臣の証明に係る基準等5）
• 特別勘定の取崩し事由についても一部見直しが行われる。例えば、特定株式の取得から5年を経過した場合には、特別勘定の金額を取り崩して、益金算入する必要があるものの、その取得の日から5年以内に、いずれかの事業年度において売上高が1.7倍かつ33億円以上となったこと等の要件に該当すれば、特別勘定の取崩し事由には該当しない（措法66の13⑩）

■　令和5年度以降に本税制の適用を受けて払い込みによる出資を行った特別新事業開拓事業者の株式の取得は対象外（措規22の13③）

デジタル（D）要件

「DX認定」取得の要件

■　情報処理推進機構が審査する「DX認定」の取得

■　DX認定制度において、人材育成・確保等に関連する事項の要件が追加（DX認定基準「デジタルガバナンス・コード2.0」（令和4年9月13日改訂））

■　令和4年12月1日以降に取得した認定であること（産業競争力強化法第21条の28の規定に基づく生産性の向上又は需要の開拓に特に資するものとして主務大臣が定める基準（以下「基準」という）5）

その他の要件

■　データ連携

■　クラウド技術の活用

改正なし

企業変革（X）要件

生産性の向上又は新需要の開拓に関する要件

■　生産性向上又は売上上昇が見込まれること

• ROAが平成26-30年平均から1.5％ポイント向上
• 売上高伸び率≧過去5年度の業種売上高伸び率＋5％ポイント

■　計画に係る事業により、おおよそコロナ前5事業年度の平均売上高の10%以上の新規売上高を獲得すること（基準1）

取組類型に関する要件

■　情報技術事業適応の内容が、次のいずれかの類型に該当すること　　

• 投資額に対する新商品等の収益の割合が10倍以上
• 商品等1単位当たりの製造原価等又は販売費等を8.8％以上削減

■　上記により増加した売上高のうち25-50%分が海外売上高によるものとなること（基準2）

その他の要件

■　全社の意思決定に基づくもの

改正なし

指定寄附金の追加

法人が大学、高等専門学校又は一定の専門学校を設置する学校法人又は準学校法人の設立を目的とする法人（学校法人設立準備法人）に対して支出する寄附金のうち一定のもので、その学校法人設立準備法人から財務大臣に対して届出があった日から令和10年3月31日までの間に支出されるもの。

対象法人

青色申告書を提出する中小企業者等（適用除外事業者（前3期の平均所得が年15億円超の中小企業者）を除く）の中で、中小企業等経営強化法に規定する経営力向上計画の認定を受けたもの

適用要件

■　生産等設備を構成する設備で、特定経営力向上設備等に該当する以下の資産のうち、一定の規模以上のものの取得等をして、
a）機械装置、b）ソフトウェア、c）工具、d）器具備品、e）建物附属設備、f）計画終了年度に修正ROA又は有形固定資産回転率が一定以上上昇する経営力向上計画（経営資源集約化措置が記載されたものに限る）を実施するために必要不可欠な設備

■　その特定経営力向上設備等を国内にあるその法人の指定事業の用に供した場合

■　変更なし

ただし、以下の設備が除外される

▼コインランドリー業又は暗号資産マイニング業（主要な事業であるものを除く）の用に供する資産でその管理のおおむね全部を他の者に委託するもの

■　変更なし

措置内容

以下の選択適用

■　その特定経営力向上設備等の普通償却限度額との合計でその取得価額までの特別償却

■　その取得価額の7％（特定中小企業者等にあっては10％）の税額控除（税額控除における控除税額は当期の法人税額の20％を上限とし、控除限度超過額は1年間の繰越し可）

適用期限

令和5年3月31日までに取得・事業供用について適用

2年延長

既成市街地等の内から外への買換え

■　適用対象から除外

長期所有の土地、建物等から国内にある土地、建物等への買換え

■　東京都の特別区の区域から地域再生法の集中地域以外の地域への本店又は主たる事務所の所在地の移転を伴う買換えの課税の繰延べ割合が90％（現行：80％）に引き上げられた

■　同法の集中地域以外の地域から東京都の特別区の区域への本店又は主たる事務所の所在地の移転を伴う買換えの課税の繰延べ割合が60％（現行：70％）に引き下げられた

適用要件の追加

■　先行取得の場合、特定の資産の譲渡に伴い特別勘定を設けた場合の課税の特例及び特定の資産を交換した場合の課税の特例を除き、譲渡資産を譲渡した日又は買換資産を取得した日のいずれか早い日の属する3月期間※1の末日の翌日以後2月以内に、以下の項目を記載した届出書の提出が適用要件に加えられた

• 本特例の適用を受ける旨
• 適用を受けようとする措置の別
• 取得予定資産又は譲渡予定資産の種類等

■　先行取得の場合の届出書について、その記載事項が上記と同様とされた

■　令和6年4月1日以後に譲渡資産の譲渡をして、同日以後に買換資産の取得をする場合の届出について適用される

（※1）上記の「3月期間」とは、その事業年度をその開始の日以後3月ごとに区分した各期間をいう。

特定船舶の特別償却制度（外航船舶）

■　適用期限3年延長

■　海上運送法の改正を前提に、同法の認定外航船舶確保等計画に従って取得等をした同法の特定外航船舶の特別償却率が次のとおりとされた

　（イ）　特定先進船舶である特定船舶に該当する船舶（現行：18％（日本船舶については、20％））

　　ａ　海上運送法の本邦対外船舶運航事業者等の対外船舶運航事業の用に供される船舶30％（日本船舶については、32％
　　ｂ　上記ａ以外の船舶28％（日本船舶については、30％）

　（ロ）　特定先進船舶以外の特定船舶に該当する船舶（現行：15％（日本船舶については、17％））

　　ａ　上記（イ）ａの船舶27％（日本船舶については、29％）
　　ｂ　上記（イ）ｂの船舶25％（日本船舶については、27％）

（注）　上記の改正は、海上運送法の改正法の施行の日以後に取得等をする船舶（同日前に締結した契約に基づいて取得する船舶を除く）について適用される

■　特定先進船舶について、液化天然ガスを燃料とする船舶が加えられ、耐食鋼を用いた船舶が除外された

■　対象船舶から匿名組合契約等の目的である船舶貸渡業の用に供される船舶（海上運送法の認定先進船舶導入等計画に従って取得等をした同法の先進船舶を除く）が除外された

■　事業の経営の合理化及び環境への負荷の低減に係る要件の見直しが行われた

特定船舶の特別償却制度（内航船舶）

■　適用期限3年延長

■　対象が総トン数500トン以上（現行：300トン以上）の船舶に限定された

特定事業継続力強化設備等の特別償却制度

■　適用期限2年延長

■　対象資産に耐震装置が加えられた

■　令和7年4月1日以後に取得等をする資産の特別償却率が16％（現行：20％（令和5年4月1日以後は、18％））に引き下げられた

特定都市再生建築物の割増償却制度

■　適用期限3年延長

■　対象となる民間都市再生事業計画のうち特定都市再生緊急整備地域以外の都市再生緊急整備地域における民間都市再生事業計画の認定要件について、次の見直しが行われた

• 都市再生特別措置法施行令の改正を前提に、その都市再生事業の施行される土地の区域の面積要件が0.5ha以上（現行：原則1ha以上）に引き下げられた
• 地方の魅力向上又は地域の活性化等に資する機能を整備することとの要件が加えられた

■　特定都市再生緊急整備地域内において行われる都市再生事業の要件のうちその都市再生事業の施行される土地の区域内に整備される建築物の延べ面積要件が75,000㎡以上（現行：50,000㎡以上）に引き上げられた

特定原子力施設炉心等除去準備金制度

■　適用期限3年延長

短期の土地譲渡益に対する追加課税制度の適用停止措置

■　適用期限3年延長

退職年金等積立金に対する法人税の課税の停止措置

■　適用期限3年延長

港湾隣接地域における技術基準適合施設の特別償却制度

■　適用期限到来により廃止（経過措置あり）

関西文化学術研究都市の文化学術研究地区における文化学術研究施設の特別償却制度

■　適用期限2年延長

■　施設規模要件が4億円以上に引き上げられた

共同利用施設の特別償却制度

■　適用期限2年延長

■　建物の取得価額要件が600万円以上に引き上げられた

特定地域における工業用機械等の特別償却制度

■　半島振興対策実施地域に係る措置については、対象地区から過疎地域に係る措置の対象地区が除外された上、その適用期限が2年延長された

■　離島振興対策実施地域に係る措置については、離島振興法の一部を改正する法律による改正後の離島振興法の離島振興計画（離島振興法の離島振興基本方針に適合している旨の通知を受けたものに限る）において産業振興促進事項に記載されている地区（過疎地域に係る措置の対象地区を除く）及び事業に係る措置に改組された上、その適用期限が2年延長された

■　奄美群島に係る措置については、対象地区から過疎地域に係る措置の対象地区が除外された上、その適用期限が1年延長された

医療用機器等の特別償却制度

■　医療用機器に係る措置の対象機器の見直しが行われた上、その適用期限が2年延長された

事業再編計画の認定を受けた場合の事業再編促進機械等の割増償却制度

■　適用期限2年延長

■　対象となる認定事業再編計画から、その認定事業再編計画に係る事業再編がその法人の保有する施設の相当程度の撤去又は設備の相当程度の廃棄のみを行うものである場合における当該認定事業再編計画が除外された

■　割増償却率が、機械装置については35％（現行：40％）に、建物等及び構築物については40％（現行：45％）に、それぞれ引き下げられた

対外船舶運航事業を営む法人の日本船舶による収入金額の課税の特例

■　関係法令の改正を前提に、次の措置が講じられた上、令和7年3月31日までに日本船舶・船員確保計画について認定を受けた対外船舶運航事業を営む法人に対して適用できることとされた

• 純トン数に応じた利益の金額の計算の基礎となる100純トン・1日当たりのみなし利益の金額が見直された
• 日本船舶・船員確保計画において日本船舶及び船員の確保の目標として記載すべきその計画期間における日本船舶の隻数の増加の割合を船隊規模に占める日本船舶の隻数の割合に応じて最大140％以上（現行：120％以上）とする等の所要の見直しが行われた

農業経営基盤強化準備金制度

■　適用期限2年延長

■　対象となる特定農業用機械等から取得価額が30万円未満の資産が除外された

法人の一般の土地譲渡益に対する追加課税制度

■　適用除外措置（優良住宅地の造成等のための譲渡等に係る適用除外）について、次の見直しが行われた上、その適用期限が3年延長された

• 対象から特定の民間再開発事業の用に供するための土地等の譲渡が除外された
• 開発許可を受けて住宅建設の用に供される一団の宅地の造成を行う者に対する土地等の譲渡に係る開発許可が、次に掲げる区域内において行われる開発行為に係るものに限定された
  （イ）　市街化区域
  （ロ）　市街化調整区域
  （ハ）　区域区分に関する都市計画が定められていない都市計画区域（用途地域が定められている区域に限る）

■　適用停止措置期限3年延長

震災特例法に係る被災代替資産等の特別償却制度

■　適用期限3年延長

■　対象資産が漁船に限定された（経過措置あり）

通算子法人の残余財産の確定の日が通算親法人の事業年度終了の日である場合の法人税及び地方法人税の確定申告書の提出期限

通算子法人であっても特例はなく、通常どおり、残余財産の確定の日の属する事業年度終了の日の翌日から1月以内（当該翌日から1月以内に残余財産の最後の分配又は引渡しが行われる場合には、その行われる日の前日まで）（法法74②）。

残余財産の確定の日の属する事業年度終了の日の翌日から2月以内とされる。

通算親法人が確定申告書の提出期限の延長特例の適用を受けている場合には、通算子法人についても延長特例の処分があったものとされる（法法75⑧二）が、残余財産の確定の日の属する事業年度については、上の規定が優先し、残余財産の確定の日の属する事業年度終了の日の翌日から1月以内（当該翌日から1月以内に残余財産の最後の分配又は引渡しが行われる場合には、その行われる日の前日まで）が提出期限となる。

通算親法人が確定申告書の提出期限の延長の特例の適用を受けている場合には、その通算子法人の残余財産の確定の日の属する事業年度についても特例の適用があることとされる。

期末時価評価の対象とする暗号資産の範囲の変更

法人が事業年度末において有する暗号資産のうち時価評価により評価損益を計上するものの範囲から、次の要件に該当する暗号資産（特定自己発行暗号資産）が除外された（法法61②～④）。

■　自己が発行した暗号資産でその発行の時から継続して保有しているものであること

■　その暗号資産の発行の時から継続して次のいずれかにより譲渡制限が行われているものであること（法令118の7②）

• 他の者に移転することができないようにする技術的措置で、一定の要件に該当するものがとられていること。
• 一定の要件を満たす信託の信託財産としていること。

自己発行暗号資産の取得価額

自己が発行した暗号資産について、その取得価額が発行に要した費用の額とされた（法令118の5二）。

特定自己発行暗号資産に該当しないこととなった場合の取扱い

法人が特定自己発行暗号資産に該当する暗号資産を自己の計算において有する場合において、その暗号資産が特定自己発行暗号資産に該当しないこととなったときは、その該当しないこととなった時において、その暗号資産をその時の直前の帳簿価額により譲渡し、かつ、その暗号資産をその帳簿価額により取得したものとみなして計算した損益相当額を計上することとされた（法法61⑦、法令118の11）。

暗号資産信用取引の範囲

暗号資産信用取引の範囲について、他の者から信用の供与を受けて行う暗号資産の売買をいうこととされた（法法61⑧）。改正後は、暗号資産交換業を行う者以外の者から信用の供与を受けて行う暗号資産の売買も暗号資産信用取引に該当することとされた。

連結財務諸表等に財産及び損益の状況が連結して記載される会社等及び連結の範囲から除外される一定の会社等に係る企業集団のうち、最終親会社※2に係るもの

会社等（上記①に掲げる企業集団に属する会社等を除く）のうち、その会社等の恒久的施設等の所在地国がその会社等の所在地国以外の国又は地域であるもの

①会社等（導管会社等を除く）

次に掲げる会社等の区分に応じそれぞれ次に定める国又は地域

（i）　国又は地域の法人税又は法人税に相当する税に関する法令において課税上の居住者とされる会社等・・・その国又は地域

（ii）　（i）に掲げる会社等以外の会社等・・・その会社等が設立された国又は地域

②導管会社等※

その設立された国又は地域

③恒久的施設等

恒久的施設等の類型に応じて定める他方の国

上記（3）の①に掲げる企業グループ等に属する会社等（政府関係機関、国際機関その他の一定の会社等を除く）

①に掲げる会社等の恒久的施設等

上記（3）の②に掲げる会社等（政府関係機関、国際機関その他の一定の会社等を除く）

③に掲げる会社等の恒久的施設等

特定外国関係会社に対する会社単位の合算課税適用判定に係る租税負担割合（措法66の6⑤一）

特定外国関係会社の各事業年度の租税負担割合が27％以上（現行：30％以上）である場合には、会社単位の合算課税を適用しないこととされた。

申告書添付要件（措法66の6⑪、⑫）

■　申告書に添付することとされている外国関係会社に関する書類の範囲から、次に掲げる部分対象外国関係会社に関する書類を除外するとともに、その書類につき保存義務を課すこととされた

• 部分適用対象金額がない部分対象外国関係会社
• 部分適用対象金額が2,000万円以下であること等の要件を満たすことにより本制度が適用されない部分対象外国関係会社

■　申告書に添付することとされている外国関係会社に関する書類（株主等に関する事項を記載するものに限る）の記載事項について、その書類に代えてその外国関係会社と株主等との関係を系統的に示した図にその記載事項の全部又は一部を記載することができることとされた